تشخیص مالیات باید بر اساس ماخذ صحیح و متکی به دلایل و اطلاعات کافی باشد (ماده ۲۳۷ ق. م. م) ولی در برخی موارد مؤدیان مدعی به عدم رعایت قوانین و مقررات و تشخیص مالیات به صورت خودسرانه می‌باشند. در این صورت، قانون جهت رعایت حال مؤدیان و ایجاد اعتماد آنان امکان اعتراض به تشخیص دستگاه مالیاتی را فراهم نموده است.امکان اعتراض به عملکرد دستگاه مالیاتی از ابتدایی‌ترین حقوق مؤدیان می‌باشد. لذا علاوه بر اینکه به میزان مالیات یا امکان تعدیل و رعایت مقررات قانونی امکان اعتراض به مالیات وجود دارد، تخلفات انتظامی ماموران مالیاتی نیز قابل تعقیب است.